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Il museo, che svolge soprattutto attività didattica, raccoglie circa 600.000 reperti ordinati per collezioni dal paleozoico all'era quaternaria: invertebrati e resti di mammiferi, campioni di cristallo del periodo messiniano, collezioni di marmi e rocce. Di rilievo uno scheletro di donna adulta del paleolitico superiore (Thea) e un cristallo di gesso con una bolla d'acqua del Mar Mediterraneo di 5 milioni di anni fa, unico esemplare al mondo.Esposti recentemente alcuni campioni dell'Isola Ferdinandea ed un acquarello originale ad opera di Carlo Gemmellaro (1831).
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